此种类型的房缺可以进行手术治疗，临床上大多数患儿的症状较轻，有时甚至没有任何症状，主要原因是由于缺损的面积过小，然而对于无症状者仍然需要积极的治疗。一般来说新生儿对房间隔缺损有比较强的耐受性，建议在2-4岁之间进行手术，延迟手术不会产生任何好处甚至还会增加危险性。
如果在青春期后进行手术，长期的容量负荷过重很可能导致儿童右心房、右心室发生一些不可逆转的变化，进而导致儿童心律失常，严重的病例甚至会导致死亡，如果合并有心力衰竭或肺动脉高压，则更适合早期手术。