有反流物刺激或损伤食管以外的组织或器官，可以引起一些症状。如咽喉炎、慢性咳嗽和哮喘。对病因不明、久治不愈的上述疾病患者，要注意是否存在胃食管反流病，伴有烧心和反流症状有提示作用。
但少部分患者以咽喉炎、慢性咳嗽或哮喘为首发或主要表现，严重者可发生吸入性肺炎，甚至出现肺间质纤维化。一些患者诉咽部不适，有异物感或堵塞感，但无吞咽困难，称为癔球症，目前也认为与胃食管反流病相关。
对于这一类的病人，如果呼吸系统没有明显的异常，可以按照胃食管反流病的治疗进行试验性的治疗，服用质子泵抑制剂1-2周，如果咳嗽的症状缓解，则支持咳嗽是由胃食管反流病引起的。