颅内动静脉畸形手术后的后遗症主要和动静脉畸形所在的位置有关，如果动静脉畸形位于脑的表浅位置或者脑的非功能区，术后一般不会出现明显的后遗症。
如果动静脉畸形位于脑的重要功能区或者脑的深部，可能会出现肢体瘫痪、肌力下降、肢体麻木、感觉丧失，以及精神异常、记忆力下降、思维反应迟钝、嗅觉异常、视物模糊。
还有可能出现意识障碍，表现为嗜睡、昏睡甚至长期昏迷，还有行走不稳以及癫痫发作等后遗症。