感染性心内膜炎诊断包括两条主要诊断标准和五条次要的诊断标准，第一个主要的诊断标准为血培养，两次不同时间的血培养培养出同一种微生物，比如草绿色链球菌、链球菌、金黄色葡萄球菌等。第二个主要诊断标准为超声心动图，通过心脏彩超发现瓣膜的赘生物或者脓肿、瓣膜穿孔等。
五条次要的诊断标准包括：一、患者本身有心脏的易患因素，有基础的器质性心脏疾病，如先心病、瓣膜病等。二、有感染病史，患者体温持续的超过38度。三、存在血管征象，比如细菌性动脉瘤、动脉的栓塞、颅内出血、结膜出血等。四、存在免疫性征像，比如存在肾小球肾炎、Osler结节、类风湿因子阳性等。五、有细菌感染的证据。
如果满足两条主要诊断，或者满足一条主要诊断加三条以上次要诊断标准就可以诊断感染性心内膜炎。