健脾益气丸可以治疗很多疾病，比如脾胃虚弱所导致的相关疾病，像慢性胃炎、支气管炎、心律失常、高血压、慢性肠炎、长期失眠，还有慢性腹泻、脱肛、子宫下垂、胃下垂等，都可以通过健脾益气丸来进行治疗。同时也可以配合一些抗生素来治疗常见的感染，但需要在医生指导下应用。
健脾益气丸的功效主要是健脾益气，临床上对于改善脾胃功能、纠正脾胃虚弱不能运化而引起的症状，效果很理想。对于顽固性的慢性炎症，健脾益气丸有治疗优势。但是对于急性炎症，该药的优势不明显，反而会导致炎症难以治愈,，比如患者有明显的发热或者急性感冒等，都不能吃健脾益气丸，不然会使发烧难以控制，而且要在医生的指导下进行合理的应用，在饮食上也要严格要求，不能吃不容易消化的食物，也不要饮酒、吸烟。