苍耳子的主要功效是散风、除湿、平痒、止痛、驱寒、通鼻窍，用于风寒头痛、鼻流清涕、风疹瘙痒、湿痹拘挛，苍耳子临床常用于变态反应性鼻炎、慢性鼻炎、流行性腮腺炎、下肢溃疡、疟疾、腰酸腿痛。
现代药理学研究证明，苍耳子对血糖有显著的降低作用，有镇咳、化痰的作用。苍耳子可以使心率减慢，收缩力减弱，预防冠状动脉粥样硬化的作用也很好。
苍耳子还有消炎、抑菌的作用，对金黄色葡萄球菌、链球菌也有一定的抑制作用。