灵芝孢子粉的副作用有以下几点：
第一点，针对于儿童，会导致儿童出现发育的问题，出现诱发过敏的情况，一定要注意，特别是儿童的免疫系统不完善，应用灵芝孢子粉对于儿童的正常代谢会有干扰。
第二点，孕妇，灵芝孢子粉对于孕妇是不建议应用的，以免产生强烈的副作用，对于孕妇和胎儿产生影响，甚至导致子宫的运动增强，出现流产的风险。
第三点，严重的肝肾不足的患者，多见与肝硬化或者是肾衰竭，患者应用灵芝孢子粉会导致其出现明显的脏器衰竭加重，出现生活质量下降。临床中对于灵芝孢子粉的应用，最好在专业人士的指导下，合理的进行应用。