细菌性阴道炎是比较容易复发的，对于细菌性阴道炎复发的患者，可以选择与初次治疗不同的抗厌氧菌的药物，也可以试用阴道乳杆菌制剂恢复及重建阴道的微生态平衡。
细菌性阴道炎的治疗要选择抗厌氧菌的药物，因为它主要是菌群失调所引起的，以乳杆菌占优势的阴道环境被破坏，其他的厌氧菌会大量的繁殖，所以要用抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素，因为甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长而不影响乳杆菌的生长，是比较理想的治疗药物，可以全身用药，也可以局部用药。