新生儿做磁共振检查没有不利的影响，磁共振不同于CT等检查，不属于放射性的诊断技术，因此，磁共振检查是没有电离辐射的，新生儿检查疾病也是可以使用磁共振的。
磁共振对新生儿疾病的检查优于CT诊断技术，磁共振检查对胎儿没有任何不利的辐射和伤害。利用磁共振检查要比CT的诊断更加明确，如果在临床上新生儿需要进行影像学检查，首选磁共振检查。