女性在生育年龄是容易患有巧克力囊肿的，其发病率目前有逐渐增高的趋势，这与剖宫产、人工流产、宫腔操作等增多有关系，其中在慢性盆腔痛及痛经的患者当中，子宫内膜异位症发病率占20%-90%，25%-35%的不孕症患者当中，子宫内膜异位症巧克力囊肿的可能性比较大，妇科手术当中5%-15%的患者被发现有子宫内膜异位症或者是巧克力囊肿。
子宫内膜异位症的女性绝大多数发生在25-45岁等，有些在绝经以后补充激素治疗的患者当中，也会有巧克力囊肿或者是子宫内膜异位症，可见女生发生巧克力囊肿的概率有逐年增高的趋势，发病率比较高。