高同型半胱氨酸血症的治疗主要包括生活方式的干预以及营养治疗，其中在营养治疗过程中每天补充0.8mg的叶酸，是降低同型半胱氨酸血症的最佳剂量，但是仅依靠单一补充叶酸，仍然有50%的患者无法达标。在临床中需要注意大剂量的叶酸指的是每天1mg以上，可能会掩盖维生素B12的缺乏，引起锌的缺乏。
同型半胱氨酸是通过叶酸和甜菜碱两个途径实现再甲基化，甜菜碱作为甲基的供体，叶酸作为甲基的载体，互相支持，但是不能互相替代，需要共同实现机体甲基的供给。在高同型半胱氨酸血症的患者中，复合营养素补充优于单一营养素的补充。