肠易激综合征是一种异质性的疾病，不同患者发病机制不同，症状不同，对药物的反应也不同。
首先，要告诉患者肠易激综合征的良性性质，以解除患者不必要的顾虑，减轻思想负担，这可能是最重要的治疗手段。
其次，在饮食方面，可根据患者的饮食不耐受史，各项检查及医生的经验，推荐确认敏感食物，当确定某种食物是引起患者肠易激综合征症状的原因时，应当建议限制此食物的摄入。
此方法简单有效，但是需要患者长期坚持，受到依从性的影响，多摄入富含纤维素的食物，有助于便秘患者增加粪便体积，促进肠道的蠕动。
对于腹痛的治疗，可以使用解痉剂，如匹维溴铵，还有调节内脏感觉的药物，5-羟色胺受体选择性拮抗剂、阿洛司琼可以改善患者腹痛症状，减少大便次数，但因其可能引起缺血性的结肠炎，而限制了应用。
对于腹泻的治疗，可以选择双八面体蒙脱石。
对于便秘的治疗，可以选择比较温和的导泻药，如乳果糖以及润滑性的泻药山梨醇等等，避免使用刺激性的泻药，对于有焦虑、抑郁症状的患者，或一般药物治疗疗效差的患者，可选用三环类抗抑郁药进行治疗。