二甲双胍的副作用主要表现为胃肠道反应以及胃肠道功能的障碍，具体如下：
1、消化道反应是最常见的，比如恶心、呕吐、纳差、腹泻等。一般消化道反应是没有剂量依赖性的，但是可以从小剂量开始服用，逐渐增加药物剂量，进餐时或者是餐后服用，可以减轻胃肠道的不良反应。
2、乳酸性酸中毒，它一般发生在老年人，或者是缺氧以及心、肺、肝肾功能不全的患者，死亡率可以高达50%以上。
3、维生素B12的吸收不良，服用二甲双胍1年后大约有7%的患者，会出现维生素B12的水平降低。
4、低血糖，二甲双胍单药治疗很少引起低血糖，但是如果二甲双胍联合磺脲类药物，或者是格列奈类药物等促胰岛素分泌剂的时候，或者是胰岛素等药物时，可以增强这些药物的作用，从而增加低血糖的发生率。
5、肾损害，二甲双胍本身对肾脏没有明显的毒性作用，但是当有肾功能损害的时候，二甲双胍由肾脏排出障碍，成为乳酸性酸中毒，还有低血糖反应的重要原因。