阴性的肺结核就是指痰菌阴性的肺结核患者，这类患者虽然不具有传染性，但体内有结核病变也必须进行正规的治疗，确诊后先应选用化学药物进行治疗，其它治疗方法如对症治疗、手术治疗等均为辅助治疗，化疗的目标不仅是杀菌和防止耐药性的产生，而且在于最终灭菌，防止和杜绝复发，当前国际公认的化疗原则是早期、联合、适量、规律、全程。相比其它类型细菌感染，肺结核治疗可能需要更长的时间。对于活动性肺结核需服用抗结核药物至少6-9个月，具体药物和治疗时间取决于患者年龄、整体健康状况和耐药情况等，常用的药物包括异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等。
此外，治疗过程中应实施全程督导化学治疗管理策略，肺结核患者在治疗过程中，每次用药都必须在医务人员，或经培训的家庭督导员的直接督导下进行。因故未用药时必须采取补救措施，以保证按医嘱规律用药，这种方式可提高治疗依从性和治愈率，并减少多耐药病例的发生。