治疗静脉血栓的药物大体上分为三类，如抗凝药、溶栓药、抗血小板药物，其中抗凝药是治疗静脉血栓的主要药物，抗凝药主要有肝素、低分子肝素、维生素K的拮抗剂，如华法林，以及新型口服抗凝药，如利伐沙班等。
抗凝药的使用也可以配合其他的药物，如溶栓药，溶栓药主要有尿激酶、链激酶、纤溶酶等，而抗血小板的药物主要有阿司匹林、氢氯吡格雷。这三种药物有时可以单独使用，有时也可以根据病人的分期不同联合使用。
但所有的治疗静脉血栓的药物，都应该定期进行血常规、凝血常规检查，同时应注意使用时观察病人是否出现尿血、便血、牙龈出血，以及其他皮肤黏膜出血的情况。如果有以上症状，应及时复查相应的检查指标。