肾盂肾炎是泌尿系感染的一种类型，属于上尿路感染，引起途径主要有四种，首先最常见的是上行性感染，其次有血行感染、直接感染、淋巴导致的感染等等。导致肾盂肾炎最根本的原因，是病原体侵入到尿路而导致感染。
其中最常见的致病微生物是细菌，肠道细菌最常见，其中大肠杆菌是最常见的一种杆菌。当然还可以见于其它的微生物，比如病毒、真菌、结核分枝杆菌、衣原体等等，也可以导致肾盂肾炎的发生。临床中有些病人会有频繁发作的肾盂肾炎，或者治疗效果差，这种病人就要试图寻找一下有没有诱因，比如尿路的畸形、尿路梗阻、全身抵抗力低下、糖尿病，或者是尿路操作等等这些诱发因素。