根据目前的研究显示，多重耐药菌传播的途径因为菌种不同，传播途径也有所不同，具体如下：
1、耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，也就是MRSA，主要通过直接与患有化脓性感染、呼吸道感染、尿路感染、MRSA定植患者接触，导致人与人传播。医疗保健人员的手是MRSA的常见传播方式，研究证实，医疗保健人员在进行清创、更换敷料、吸痰和导管护理等操作后，手会被MRSA污染。
2、社区型MRSA主要通过直接或间接与化脓性感染者接触、个体接触脏的物品、皮肤与皮肤接触，以及污染的医疗仪器设备，即使短暂接触也可能感染或定植。
3、艰难梭菌通常通过粪-口途径引起感染或定植，医疗保健人员手与感染者接触后受到污染，携带艰难梭菌芽孢，引起患者与患者间的传播。也可通过接触污染环境表面和未适当消毒的医疗护理设备导致间接传播，污染的表面包括床栏、门把手，还有患者医疗用品，如直肠温度计以及任何可能被粪便污染的表面。