喝益生菌的好处在于可以调节肠道菌群，对需主来说益生菌是有益的活性微生物。在临床上益生菌常常可用于治疗腹泻、消化不良、便秘，还有是肠道炎症，益生菌还可以用于乳糖不耐受的治疗。
益生菌的坏处、副作用是比较少的，如果肠道菌群是正常的，没有临床疾病的发生，最好不要吃益生菌。如果长期的、大剂量的吃益生菌，容易引起耐药性。一旦患有疾病，需要用益生菌时，效果会不太理想。所以益生菌的有利方面多，不利方面少，但没有疾病时，不主张长期大剂量应用益生菌。