肛窦炎的治疗可以分为保守治疗以及手术治疗两种方法。
保守治疗方面首先可以使用淡盐水，进行局部清洗或者坐浴，也可以使用高锰酸钾溶液稀释后清洗，或者使用苦参汤进行清洗。其次是使用九华痔疮膏或者红油膏涂抹患处，也可以使用马应龙痔疮栓、太宁栓、肛泰痔疮栓剂等，在坐浴后进行肛门给药治疗。如果保守治疗起不到缓解作用，建议进行手术治疗，手术治疗主要是采取肛窦切开引流术，此种方法适用于已经出现化脓，或者形成瘘管的情况。
所以一旦患有肛窦炎，就应该及时去医院相关科室面诊医生，检查后做针对性的治疗。