乙肝五项中单纯乙型肝炎E抗体阳性的临床意义，主要提示曾经感染过乙型肝炎病毒大部分人没有问题，意味着乙肝处于恢复过程中。但是由于乙型肝炎表面抗体没有产生，提示乙型肝炎并没有完全恢复到正常状态。
临床上大部分患者体内已经没有病毒复制，仅仅表现为乙型肝炎E抗体阳性，但是会有少部分人体内残留有少量病毒。因此需检测乙型肝炎病毒DNA定量，以便判断体内是否含有病毒。如果乙型肝炎病毒DNA检测结果为阴性，单纯乙型肝炎E抗体阳性没有任何问题。
如果乙型肝炎病毒DNA检测结果为阳性，则意味着体内仍有病毒复制，单纯乙型肝炎E抗体阳性还不能认为绝对安全，是有传染性的。