在月经期子宫内膜剥脱，碱性经血中和阴道的酸性环境，使天然屏障功能被削弱。如果不注意经期卫生，甚至在月经期同房会把细菌带入生殖道内，极易引起感染，同时会容易导致女性不孕。
在月经期同房，男性生殖器可能会把细菌带入阴道内，经血是细菌等微生物的良好培养基地，细菌极易滋生，沿子宫内膜许多微小伤口和破裂的小血管扩散，感染子宫内膜，甚至可以累及输卵管和盆腔器官，从而给女性的身体带来影响。在月经期同房，因精子在子宫内膜破损处和溢出的血细胞相遇，甚至进入血液可诱发抗精子抗体的产生，从而会导致免疫性不孕不育症。