双肾囊肿的治疗，主要是以治疗并发症、缓解症状、保护肾功能为主。由于肾囊肿是良性病变，如果双肾囊肿体积比较小，不需要特殊治疗，只需要定期检查泌尿系彩超及肾功能，观察肾囊肿大小及肾功能的指标。如果患者出现腰部酸痛等症状，而囊肿无明显增大，可以使用中药对症治疗，缓解症状。
如果双侧肾囊肿体积比较大，大于4cm时，同时反复出现感染或癌变等情况，可以考虑进行腹腔镜下肾囊肿去顶减压等手术治疗。如果出现血肌酐升高等情况，可以使用中药或中成药，如尿毒清颗粒、肾衰宁胶囊等药物，可以明显起到降肌酐治疗。如果血肌酐升高达到尿毒症，可以考虑血液透析或腹膜透析等治疗。