扁桃体对人体具有免疫作用，通常说的扁桃体指位于口腔的腭扁桃体，其实在人体咽部还有很多的扁桃体如腺样体、咽鼓管扁桃体及舌扁桃体，对人体都具有免疫功能。
扁桃体位于上呼吸道，是呼吸道和消化道的门户，出生以后随着年龄的增长，免疫功能逐渐活跃，儿童时期特别是3-5岁因接触外界过敏原机会增多，容易诱发上呼吸道疾病，儿童时期细胞免疫功能还未健全。
因此儿童时期扁桃体是活跃的外周免疫器官，发挥重要的体液免疫作用及一定的细胞免疫功能。