肝细胞癌的肿瘤标志物，在肝细胞癌的患者中，对于监测和筛查、早期诊断方面，甲胎蛋白也叫AFP，是非常传统的生物学指标，在过去的几十年间也是广泛应用于临床，和肝脏的超声、腹部超声结合，这个方法是早期筛查最主要的手段，也是取得了令人满意的效果，但是考虑到SP仅仅在大概是在60%的患者中是能够有高表达，但是在40%的患者中是正常的状态，特别是在疾病的早期阶段，还有在肝硬化、慢性肝炎或者胆管癌的恶性患者，也会出现AFP的升高，所以结合它的两个特点，就是缺乏足够敏感性和特异性，所以在早期肿瘤的诊断和小肝癌方面，还是有一定的局限性，所以对于肝癌监测、筛查和早期诊断的肿瘤，新的肿瘤标志物也是在不断的探索和研究当中。
譬如说甲胎蛋白抑制体叫AFP-L3的和脱羧基的凝血酶原，现在也是被在推荐肝癌高危患者的监测和筛查，也可以作为符合肝癌诊断治疗的辅助诊断工具，还有其他很多的标志物，像高尔基蛋白73、白介素-6、鳞状细胞癌抗原，还有骨桥蛋白、血管内皮生长因子，这些也是都在作为肝细胞癌肿瘤标志物的尝试和探索，当然目前公认应用最广泛的还是甲胎蛋白。