睡多了头疼和睡眠障碍、睡眠中的脑供血不足、缺血、缺氧有关系。通常情况下，睡多了以后会造成大脑缺氧、缺血的时间增加，主要是睡觉时可以减慢血流速度，所以睡多了以后刚开始头疼，很快缓解的，属于生理现象。
一部分人存在大脑缺血、缺氧的疾病，包括夜间发作性呼吸暂停，会造成大脑缺氧加重，睡的时间长了，缺氧时间过长，会造成头疼。有高血压、糖尿病的患者睡眠中出现血流速缓慢，加重血管硬化和缺血症状，从而出现头疼的症状，主要是这些因素改变而造成头疼。