脑膜炎的预后与病原菌不同，治疗是否及时，以及病人的自身体质都有很大关系。一般病毒性脑膜炎经过系统治疗之后可以完全恢复，不遗留后遗症。但是结核性或者细菌性的脑膜炎，如果治疗不及时或者不规范，有可能遗留后遗症。一般而言，经过三个月左右的治疗，如果没有完全恢复，某些症状可能会持续存在，也就是出现脑膜炎的后遗症。
常见的后遗症有头疼，病人常表现为慢性头疼。还有些患者出现头晕、记忆力下降，还会有颅神经损害的症状，比如视力下降，严重的时候有可能导致失明。此外还可以有面神经麻痹的表现，可以表现为面瘫，一个眼睛闭不好以及鼻唇沟变浅等。因为炎性分泌物会引起蛛网膜粘连，所以有可能导致脑积水，严重的时候可能需要做手术进行脑脊液分流。另外，还会有癫痫、智力低下、肢体瘫痪等比较严重的并发症，所以脑膜炎的治疗一定要系统、规范和及时。