正常情况下，人体的咽部和扁桃体隐窝内就存在着某些病原体，当受凉、潮湿、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激等因素降低身体抵抗力时，病原体会大量繁殖毒素破坏隐窝上皮，侵入到扁桃体实质内而发生炎症感染引起。慢性扁桃体炎一般主要由于急性扁桃体炎反复发作而引起，所以此时正确地使用抗生素是最主要的治疗方法。一般以青霉素类和头孢菌素类作为首选，根据病情的严重程度选择不同的给药方式。治疗2-3天后并没有得到有效缓解的，应该更换抗菌素，最好能够根据咽拭子的细菌培养和药敏试验来选择。对于反复发作的扁桃体炎，特别是一年发作4-5次以上，或者已经影响了吞咽、发音、呼吸功能，则应该选择手术治疗。