肛门瘙痒的病因较为复杂，主要是与接触某种致敏物或者刺激物，过度清洗等，与对肛周皮肤的接触性刺激有关系，有时候痔疮也可以引起肛门瘙痒。基本的病因有如下几种：
一、外因，比如饮食因素，过多摄入咖啡，辛辣、刺激性食物，如辣椒、芥末、大蒜等，这种食物容易引起肛门瘙痒。
二、过敏反应，有些人对某些蛋白质食物，比如鱼、虾、鸡蛋等，可以导致部分人体过敏，过敏以后产生过多的组胺作用于神经末梢，而产生瘙痒感。
三、不良的卫生习惯，比如大便以后肛门没有擦拭干净，残留物也会引起瘙痒，或者过度清洗、擦拭太用力也可以导致肛门部位的瘙痒。
四、药物因素，如吗啡、喹啉，某些抗生素等，都容易引起肛门瘙痒。
五、夏季的时候炎热多汗，也可以导致肛门瘙痒。着装不良，比如我们穿着窄小的衣裤或者质地不适的内裤，这时候也容易诱发肛门瘙痒。
六、本身的原因，比如肛门直肠的疾病，如痔疮、肛门失禁、肛裂、肛瘘等。
七、肛门部位的感染，如真菌、细菌感染，都容易引起肛门瘙痒。