内分泌治疗周期较长，可长达五年以上，副作用就是广大患者倍加关心的问题，较化疗相比，内分泌治疗的副作用相对较小，常见的有食欲不振，少数有呕吐、腹泻、眩晕，有些人还会出现面部潮红、皮疹等，极少数病人可出现白细胞、血小板减少，但一般不严重，也有些人会出现肝功能异常等。最严重的副作用是长期的内分泌治疗，可以促进子宫内膜的增生、增厚，容易使子宫内膜发生恶变，形成子宫内膜癌。如果出现子宫内膜增厚、宫颈出血等情况，一定要尽快的做病理检查，以排除子宫内膜癌。
乳腺癌是以手术治疗为主的综合性治疗，其中内分泌治疗是乳腺癌重要的治疗方式，尤其是对于激素受体ER、PR阳性的乳腺癌患者，需要进行内分泌辅助治疗。