膀胱结石只是一个继发性的症状，通常面对膀胱结石的病人，要考虑原发的病因，绝大多数情况下患者是因为有尿道梗阻的问题，所以出现继发性的膀胱结石。因此，膀胱结石的处理仅仅是一个膀胱镜下的激光碎石手术，或者开放的膀胱切开取石手术就可以做到，完成这个问题。
但是对于后尿道梗阻性的疾病，也同期一定治疗，否则膀胱结石会在短期内复发。常见的原发病，包括前列腺增生，通常可以做前列腺电切手术来解决问题。也有一部分中老年女性是膀胱颈口纤维化的问题，这样的话可以通过膀胱镜下的冷刀切开手术，扩大膀胱出口，降低膀胱出口的压力，改善未来膀胱结石复发的可能。