大多数自身免疫性脑炎的预后相对良好，自身免疫性脑炎的死亡率在2%-9%左右，80%左右的抗NMDA受体脑炎患者功能恢复良好。
患者早期接受免疫治疗和非重症患者预后较好，重症的抗NMDA脑炎患者，平均重症监护病房治疗周期为1-2个月，病死率为2.9%-9.5%左右，抗LGI1抗体相关的脑炎患者的病死率大约为6%左右。抗GABA受体抗体的相关脑炎，合并小细胞肺癌患者的预后相对比较差。
自身免疫性脑炎的治疗，急性期主要是给予糖皮质激素、免疫球蛋白，或者血浆置换、注射利妥昔单抗、静脉注射环磷酰胺，口服吗替麦考酚酯、硫唑嘌呤等等，进行免疫抑制治疗。