一般情况下，支原体感染服用大环内酯类或四环素类抗生素，治疗效果较好。
支原体是介于细菌和病毒之间的一类病原微生物，没有细胞壁，对干扰膜蛋白或胞质蛋白合成的四环素类抗生素、大环内酯类抗生素以及氟喹诺酮类的抗生素敏感。目前有明确致病作用支原体主要是肺炎支原体、人型支原体、生殖支原体及解脲脲原体，肺炎支原体可引起支原体肺炎，也可导致上呼吸道感染和慢性支气管炎等，可以服用阿奇霉素、红霉素、四环素、环丙沙星、左氧氟沙星等药物进行治疗，不过要注意儿童和孕妇不能服用四环素和氟喹诺酮类药物。
对于解脲支原体、人型支原体、生殖支原体引起的泌尿生殖系统感染，通常根据药敏试验的结果选择药物，常用的药物主要有阿奇霉素、克林霉素、米诺环素、红霉素、多西环素、左氧氟沙星、克拉霉素等。