少女月经长时间不干净，在青春期少女中非常多见，主要是下丘脑-垂体-卵巢轴的神经内分泌调节功能不完善。
月经的形成是下丘脑垂体分泌的激素使卵巢的卵泡生长、排卵，分泌的雌激素、孕激素作用在子宫内膜。
青春期女性初潮后需要1.5-6年时间，下丘脑-垂体-卵巢轴的神经内分泌调节功能才能完善，建立稳定的月经周期性调节机制。
这段时期由于下丘脑-垂体-卵巢轴尚未成熟，分泌的激素不能使卵泡发育成熟、排卵，而且又处于生理与心理的急剧变化及情绪多变，感情脆弱的时期，而此时发育不健全的下丘脑-垂体-卵巢轴，更容易受到内外环境多因素影响。
激素分泌不协调导致排卵障碍，在临床上表现为月经稀发、频发，经期延长等，甚至造成贫血。出现月经异常的少女，应及早到医院检查，在医生的指导下规律月经，避免因流血时间长量多而导致的感染和贫血。