泌尿系结石的鉴别诊断，主要是要鉴别出与泌尿系结石临床表现相似的疾病，以免造成漏诊和误诊。泌尿系结石最常见的临床表现是腰痛和血尿，患者常常在腰痛时出现侧腹部的疼痛，同时伴有恶心和呕吐。
这时要与消化道疾病，比如急性胆囊炎、急性阑尾炎、急性胰腺炎等，表现相类似的疾病相鉴别。鉴别的要点是做泌尿系的彩超或者CT检查，来了解是否有结石存在。
另外，泌尿系结石患者有些以血尿为表现，要注意鉴别以血尿为临床表现的疾病，主要是和泌尿系肿瘤相鉴别，另外前列腺增生的血尿也要区分开来。临床上根据相关的影像学检查，即可明确诊断。