卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，内异症患者的不孕率高达40%。引起不孕的原因很复杂，比如盆腔微环境改变影响了精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能，卵巢功能异常及排卵障碍和黄体形成不良等。
此外未破裂卵泡黄素化综合征，在内异症患者中具有较高的发病率。中重度患者可因卵巢输卵管周围粘连，而影响输卵管的运输。但是也不是说卵巢巧克力囊肿的患者，绝对不能怀孕。