淮南医院综合排名靠前的有淮南市第一人民医院、淮南新华医疗集团新华医院、淮南东方医院集团总院等。淮南市第一人民医院拥有淮南市仅有的“十四五”省重点专科2个，眼科和神经内科；拥有淮南市仅有的“十三五”省重点学科5个，分别是眼科为安徽省唯一眼科临床重点专科（优先发展重点专科），普外科、神经内科、护理学科为省级重点培育专科，骨科为省级重点特色专科。 淮南新华医疗集团新华医院的骨科、儿科、心胸外科、重症医学科、普外科、耳鼻咽喉科等11个学科为淮南市首批临床医学重点学科；心血管内科、脊柱科、妇产科、关节科、泌尿外科、介入科等临床科室特色更加明显，成为淮南市特色专科、龙头学科。淮南东方医院集团总院是一家大型三级综合医院，以肿瘤治疗、结核病防治、精神卫生、肺科等特色专科闻名于淮南及周边地区。