全国比较好的小儿神经外科医院有首都医科大学附属北京儿童医院、复旦大学附属儿科医院、重庆医科大学附属儿童医院等。这三家医院的神经外科分别位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第1、2、3名。 首都医科大学附属北京儿童医院神经外科目前拥有国内领先的神经外科大型医疗设备，可收治小儿神经外科全部病种。其中有大量小儿颅内肿瘤、脑血管畸形、脊髓肿瘤等疑难、重症患者。同时，对先天性神经系统畸形(如脊髓栓系综合征、脊膜膨出等)、脑积水、神经系统创伤、颅骨畸形等疾病的诊治方面拥有丰富临床经验。 复旦大学附属儿科医院神经外科是我国最早开展小儿神经外科工作的单位之一,为该院儿外科国家重点专科的重要组成部分,目前科室专业方向齐全，诊疗特色鲜明，在小儿神经外科各种疾病的治疗上积累了丰富的经验。 重庆医科大学附属儿童医院神经外科是全国成立最早的儿童神经外科之一。目前已成为具有一定规模、技术力量雄厚、设备优良的儿童神经外科疾病诊治中心，规模及诊治水平在国内儿童医院中位居前列。