南京比较好的儿科医院是南京市儿童医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院等。 南京市儿童医院是一所集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的三级甲等儿童医院。医院专科齐全，涵盖儿童医疗各个领域。小儿消化科为国家级临床重点专科，小儿心胸外科为江苏省“科教兴卫工程”医学重点学科，小儿肾脏科为江苏省“科教兴卫工程”医学创新团队，儿童保健科为江苏省妇幼保健重点学科。 南京医科大学第一附属医院儿科为省级临床重点专科，省级新生儿危急重症救治指导中心，南京医科大学博士、硕士学位授予点，博士后流动站点。拥有江苏省“135”重点人才、江苏省“兴卫工程重点人才”、江苏省“重点医学人才（联合共建）”、六大高峰人才、江苏省“妇幼健康重点人才”、 江苏省科教强卫工程医学创新团队等。 南京鼓楼医院儿科学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、科研实力强大，儿科依托此平台，开展临床、教学、科研及儿童保健工作。承担着儿科常见病多发病等疾病的临床诊疗工作，其中儿童呼吸、肾脏、风湿免疫、内分泌和新生儿为科室特色。