牡丹江三甲医院有十余家，其中有牡丹江医学院附属第二医院、牡丹江市第二人民医院、黑龙江省牡丹江林业中心医院等。牡丹江医学院附属第二医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健、急诊急救于一体的三级甲等综合医院，拥有4个省级龙江名医，4个省级突出贡献中青年专家，牡丹江市医学重点专科5个，牡丹江市医学知名专家、重点人才、学科带头人7人。 牡丹江市第二人民医院是以急诊急救为中心，医疗教研为一体的大型综合性医院，引进和开展多项先进的医疗技术，购置有一大批先进的医疗设备。黑龙江省牡丹江林业中心医院是技术实力雄厚、设备先进、功能齐全，集医疗、教学、科研为一体的国家三级甲等综合性医院，医院先后引进许多高精尖医疗设备。 此外，三甲医院还有牡丹江市中医医院、牡丹江市第一人民医院、牡丹江心血管病医院、牡丹江医学院附属红旗医院、牡丹江市妇女儿童医院、牡丹江肿瘤医院、牡丹江市康安医院，可根据自身情况进行选择。