小儿外科比较好的医院是首都医科大学附属北京儿童医院、复旦大学附属儿科医院、重庆医科大学附属儿童医院等，在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》中分别排第一、第二名和第三名。 首都医科大学附属北京儿童医院普外科是由中国小儿外科创始人，中国工程院院士张金哲教授在国内最早建立的专业，国内最早的儿科学硕士、博士学位授予单位和博士后流动站。先天性肛门直肠畸形、先天性胆总管囊肿、胆道闭锁、门脉高压以及小儿腹部外科复杂疑难病症的诊治是普外专业组的临床工作重点，在儿童血管畸形方面经验丰富。 复旦大学附属儿科医院小儿外科是上海市小儿外科疑难重症诊治中心、国家临床重点专科建设单位、上海市小儿外科重点学科（重中之重），连续十年荣获“全国最佳医院和最佳专科声誉排行榜”的专科排名第二名。儿外科下设肝胆外科、肛肠外科、泌尿外科、肿瘤外科、骨科、整形外科、神经外科、新生儿外科等专科。 重庆医科大学附属儿童医院小儿外科为全国规模最大、分科最细、学术水平位于国内前列的小儿外科临床、教学及科研中心。在国内小儿胃肠及新生儿外科学术水平领先的项目有小儿急腹症早期诊断治疗、小儿短肠综合征诊断治疗及病理研究、先天性巨结肠首创根治手术方式，即经肛门直肠乙状结肠切除斜形吻合术等。