牡丹江比较好的医院有牡丹江医学院附属第二医院、牡丹江市第二人民医院、黑龙江省牡丹江林业中心医院等。 牡丹江医学院附属第二医院，是牡丹江唯一一家美国唇腭裂微笑列车合作医院，最先建立了黑龙江省东部地区最先进的内镜检查室、ICU（术后监护室）；牡丹江市第二人民医院是国家级“爱婴医院”、省级住院医师规范化培训基地医院、牡丹江地区脑卒中筛查与防治基地医院，医院在心脑血管系统疾病、内分泌系统疾病、神经系统疾病、介入治疗、急诊急救等方面均处于省内领先水平，多项诊疗技术填补了省、市空白；黑龙江省牡丹江林业中心医院荣获省“三好”医院和省“百家信得过医院”等光荣称号，拥有大型先进医疗器械，担负着牡丹江林区职工家属和牡丹江市区职工群众防病治病的任务。 此外，三甲医院还有牡丹江市中医医院、牡丹江市第一人民医院、牡丹江心血管病医院、牡丹江医学院附属红旗医院、牡丹江市妇女儿童医院、牡丹江肿瘤医院、牡丹江市康安医院，可根据自身情况进行选择。