扬州三级甲等医院较多，比较好有苏北人民医院、扬州市第一人民医院、扬州市中医院等。其中苏北人民医院作为首批国家级现代医院管理制度试点医院，拥有省级临床重点专科26个，市级临床重点专科17个，药物临床试验国家备案专业23个，有国家级博士后科研工作站。扬州市第一人民医院是一所集医疗、教学、科研、急救、预防、康复为一体的综合性三甲医院，先后成立了心血管病急救中心、儿童医学中心等10余个专科诊疗技术中心。扬州市中医院是南京中医药大学附属医院、扬州大学临床中医学院，国家首批中医住院医师、全科医师规范化培训基地，全国首批中医诊疗模式19家创新试点单位之一，江苏省中医药文化宣传教育基地。