巧克力囊肿的患者到医院以后，医生会通过查体、血清学检查和影像学检查，帮助确定囊肿是否为巧克力囊肿。首先医生做妇科检查时会发现囊肿界限不是很清楚，和周围器官粘连比较严重。有一些病人可能通过检查发现很多触痛结节，这也是巧克力囊肿比较特征的表现，此时抽血检查会发现血清CA125有轻度到中度的升高。

超声医生会发现囊肿里有细密光点，这是巧克力囊肿特有的影像学表现。做核磁也可以发现囊内液比较黏稠，且患者有痛经的表现。通过这三种检查方式，基本可以确定巧克力囊肿确实存在。明确诊断一定要通过腹腔镜手术将囊肿取出，再送病理检查明确诊断。