微创碎石包括体外碎石、微创手术碎石，体外碎石具有创伤小、恢复快、费用低等优点。目前体外碎石已经普及到乡镇医院，只需控制冲击波碎石的能量以及碎石的间隔时间，体外碎石对肾脏的影响较小。
微创手术碎石包括经皮肾镜碎石、输尿管镜碎石以及输尿管软镜碎石，微创碎石手术是目前最常用的治疗输尿管结石的手术方式。输尿管镜碎石、输尿管软镜碎石需经过自然的腔道，对肾脏的损伤较小；经皮肾镜手术需要经过肾脏实质，建立室内通道，通过通道处理室内的结石。经皮肾镜碎石对肾脏有一定的损伤，如果术中或者术后肾脏出血，需要进行介入止血，则会进一步加重对肾脏的损伤。