疱疹性咽峡炎的治疗如下：
1、隔离：出现症状以后，先要进行隔离，因为此病是一种传染病，要对病人用过的物件以及吃过的食物进行正确处理；
2、降温：对于高热的患儿，要进行适当降温，有物理降温和药物降温，对于不能进食的病人，要进行适当补液；
3、药物治疗：目前对于柯萨奇病毒和肠道病毒，没有特异性的抗病毒药，可以用干扰素α进行局部的喷雾治疗。
疱疹性咽峡炎是柯萨奇病毒和肠道病毒，引起的一种急性上呼吸道传染性疾病。疱疹性咽峡炎通常在6岁以下儿童多见，成人也有散发。病人在临床表现上，主要是有发热，尤其是婴幼儿可以高热到39℃-40℃。多数比较大的儿童或成人，出现低热或中等度发热。
婴幼儿也可以表现为恶心、呕吐等症状，疼痛非常明显，病人通常可以出现咽峡部、悬雍垂等部位的疱疹。开始时是疱疹，1-2天就能够破裂，一般在6-7天能够逐渐愈合。此病一般在1周左右能够痊愈，只有少数人可能会有并发症。
