任何的治疗都有其疗效、副作用、适应症的问题。胃癌患者进行靶向治疗同样有副作用，但不同的靶向治疗药物，对患者有不同的影响。如抗HER2表达的药物赫赛汀等可引起肝肾损伤的副作用，但恶心、呕吐等胃肠道反应并不明显，比化疗要轻很多。
另外，抗血管生成的胃癌靶向药物，其副作用主要是血压或者出血，及肝肾损伤。但对于患者整体症状并无明显影响。因此，胃癌的靶向治疗是非常不错的治疗手段，其主观症状是比较轻的，相对于化疗、放疗、传统治疗，副作用明显要减轻，因此若患者适合，胃癌靶向治疗是不错的选择。