输尿管囊肿治疗主要包括经尿道输尿管口囊肿电切术及经尿道输尿管口囊肿2µm激光切除，均为微创手术。基层医院若无此类医疗设备可进行开放手术进行治疗，开放手术方法为切开膀胱后，将输尿管口囊肿切除治疗。

输尿管口囊肿为良性病变，由于输尿管口入膀胱处肌层薄弱，且输尿管口较狭窄，排尿时膀胱黏膜膨出，形成输尿管口囊肿的病理改变。因此术后预后较好，一般无恶性病变可能。因此输尿管口囊肿患者无需过于担心，治疗后效果较为理想。