输尿管囊肿引起的合并症相对较严重，需尽早、及时进行专科治疗，解决输尿管囊肿感染问题和反流问题。输尿管囊肿本身为先天性疾病，最常引起反复尿路感染，可引起生活、起居不方便，同时长期反复、逆行感染可引起肾脏、肾盂感染导致腰痛，及肾功能损害。

输尿管囊肿在做手术之前需充分抗炎，使炎症得到充分控制。在手术过程中同时进行输尿管抗反流手术，缓解输尿管囊肿。