肛瘘经过手术治疗后有可能复发。肛瘘为一种慢性炎症性疾病，主要表现为肛门里有内口，肛门外有外口，内外口之间有一个慢性炎症的管道样结构。内口有肠内容物的进入，进入管道中，可能刺激一次新的急性炎症产生，使瘘道中产生脓性分泌物。脓性分泌物逐渐增加，从外口流出，为肛瘘的一种常见的表现。反复发作后，可能不单纯为一个瘘管，也可能向周围出现侧支。在治疗时，这些侧支可能找不到，造成手术后，肛瘘再次复发。

肛瘘形成的最重要病因，还可能因瘘口较隐匿，手术难以准确找到内瘘口，即内瘘附近，肛隐窝，原发感染病灶的位置。手术的成功与否与原发病灶有关，病灶可能随着时间延长或者反复发作，难以准确找到。

肛瘘术后复发为肛肠科复发率非常高的一种疾病，无论医生还是患者都非常关注。从患者的角度，一旦肛瘘确诊，应尽快予以手术治疗。延迟手术或者较长时间的延迟手术，可出现以上情况，可能从简单的肛瘘变成复杂的肛瘘，即不是出现一个瘘道，可能有多个瘘道的存在。