对于慢性肥厚性咽炎的治疗，分为全身治疗以及局部治疗。全身治疗包括对因治疗，积极治疗上气道的慢性感染，如鼻炎、鼻窦炎、扁桃体炎、牙周炎等引发的慢性咽炎。同时，一定要积极治疗全身性的疾病，如贫血、内分泌代谢紊乱性疾病，而引发的慢性咽炎。同时，一定要改变饮食习惯以及生活习惯，清淡饮食、忌烟酒，都能很好地控制慢性肥厚性咽炎的症状。

慢性肥厚性咽炎，可以考虑应用中成药物，如咽立爽、清咽滴丸等，能有效改善局部的症状，而局部症状比较重的慢性肥厚性咽炎患者，可以考虑应用复方硼砂口服液含漱，有时也能减轻症状。而严重的慢性肥厚性咽炎的患者，如果严重影响生活质量以及社交，并且咽部的淋巴滤泡增生明显，可以考虑酌情应用等离子，或者是激光烧灼局部的淋巴组织，有时对治疗慢性肥厚性咽炎的效果也很好。

同时，对于明确伴有胃食道反流的慢性肥厚性咽炎的患者，除了上述治疗以外，也应该考虑加用抑酸药物，如奥美拉唑或者是雷贝拉唑，也能有效地控制慢性肥厚性咽炎的症状。